《新世紀福音戰士》故事描述故事背景設置在未來、一場世界性的大災難發生十五年後的東京。故事圍繞着一名只有十幾歲的男主角「碇真嗣」，突然被神秘組織NERV招募去駕駛一種巨大的的生物兵器——EVA，與被稱為使徒的可怕不明敵人進行戰鬥而展開。故事最初着重表現戰鬥場景和人物之間的對話，隨着故事情節的發展，逐漸轉為對人物內心世界的剖析。
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