《名偵探柯南》講述高中生偵探「工藤新一」和青梅竹馬「毛利蘭」一同去遊樂園玩時，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的「工藤新一」，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
若然讓那些人知道「工藤新一」還活着，可能讓自己和身邊人有生命危險。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名「江户川柯南」，為了蒐集那些傢伙的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
黑衣組織相當神祕，經過一輪調查後，柯南知道了他們是以酒的名稱作為代號。為了揭露那些傢伙的真面目，以及盡早尋回讓身體回復正常的方法，柯南開始大顯身手，智破奇案！
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